L'intervention réalisée dans cette Église en 2006 a permis de restaurer et de préserver la peinture sur bois de châtaignier du sanctuaire, dont le support et la première peinture furent appliqués en 1693 par un peintre de Guimarães, Manuel de Freitas Padrão, l'un des fondateurs de la Confrérie de Saint-Luc de Guimarães.

Le plafond de la nef, en bois de châtaignier et voûté en berceau, a été réalisé au XVIIIe siècle et la polychromie, qui date très probablement de la même époque, a été exécutée avec une couleur monochrome vert d'eau. La figure centrale, peinte mi-XXe siècle, représente la Résurrection du Christ, flanquée de la représentation des Évangélistes, un sur chaque coin du plafond.
Si la première figure a été réalisée directement sur le support, les quatre autres images ont été produites sur toile et fixées au plafond avec de la colle de contact. Ultérieurement, le plafond a été recouvert d'une peinture-émail synthétique brillante couleur vert laitue, à l'exception des figures plus récentes. Les sablières ont également été soumises à une peinture imitant le marbre.
Les planches en bois du plafond ont été soulevées pour pouvoir accéder à l'intérieur, près de la rosace de la façade de l'Église. La surface intérieure a été nettoyée des salissures et des débris accumulés et sa structure de fixation au plafond a été revue et renforcée. Une résine acrylique a été appliquée à la brosse sur les zones de bois friable et de faible résistance mécanique.

Un produit insecticide/fongicide, d'une durabilité de 10 ans, a été appliqué pour assurer l'immunisation curative et préventive contre les attaques d'insectes xylophages et micro-organismes.
La fermeture de l'ouverture d'accès à la surface intérieure a été remise à sa place, ayant été également examinée et renforcée au niveau de sa fixation au plafond par des vis en acier inoxydable.
Les toiles des quatre Évangélistes ont été facilement enlevées avec une spatule et aucune peinture sous-jacente n'a été trouvée. Après le nettoyage des restes de colle, les toiles ont été soumises à un léger nettoyage chimique pour enlever les salissures de surface.
Les repeintures en émail synthétique sur le plafond et la sablière ont été retirées avec un décapant, des spatules et des grattoirs, sans utiliser la chaleur. Les mortiers de remplissage vieillis entre les joints des planches ont été retirés et remplacés par de la masse d'étanchéité composée de fibre de verre.
On a ensuite appliqué un apprêt isolant, déjà mis au point avec la couleur à peu près définitive, en ayant recours à des colorants concentrés liquides, et la peinture finale a été exécutée en une seule couche. Afin de donner une tonalité vieillie au plafond, on a appliqué une couche de bitume judaïque.
Les toiles des Évangélistes ont été remises à la même place, fixées sur un support de contreplaqué marine de deux millimètres. Ces peintures, ainsi que la peinture centrale, n'étaient pas encadrées ; par conséquent, on a utilisé des cadres bas-relief pour chacune des toiles.
La sablière et les cadres appliqués ont été peints dans un factice ton de terre de Sienne naturel, car ce même ton est présent sur les portes du retable principal, sur la sablière du plafond du sanctuaire, sur la surface postérieure de toutes les portes extérieures et sur le mobilier de l'Église, et, en plus, il s'harmonise avec la pierre de granit de l'Église.

Les lacunes de la polychromie ont été comblées en utilisant la technique de soustraction des couleurs, après le nettoyage de surface avec un solvant. Enfin, nous avons appliqué une couche de protection avec un vernis mat pour tableaux sur toutes les peintures figuratives.
Les retables latéraux de l'Église ont également subi une intervention de conservation et de restauration. Pendant 60 jours, on a procédé au nettoyage de la polychromie, au fixage de la dorure et au traitement préventif de la structure du retable.
Pour le nettoyage, dans lequel on a employé des coton-tige saturés, on a utilisé un mélange de xylène et d'éthanol à parts égales, à l'exception des zones vert d'eau qui ont simplement été nettoyées au dichloroéthane.